Les précipitations de septembre ont été peu importantes sur l’ensemble du bassin en continuité du mois d’août, mois également sec. La situation, déjà bien préoccupante face à la faiblesse des précipitations qu’a enregistré le nord du bassin au mois d’août, s’est aggravée en septembre. La situation hydrogéologique et l’état des sols du sud du bassin, moins impactée qu’au nord du bassin en août, s’aggrave au cours du mois.
Les niveaux d’écoulement des cours d’eaux sont très bas pour un nombre important de cours d’eaux du bassin. Les débits moyens mensuels du Rhône et de la Saône sont exceptionnellement bas, le Rhône enregistrant son débit le plus bas depuis 90 ans à la station de Valence. De même, le niveau des nappes d’eaux souterraines est globalement à la baisse pour les régions Bourgogne-Franche-Comté et Auvergne-Rhône-Alpes, en particulier sur l’axe Rhône-Saône avec un nombre important de nappes à niveau très bas.
Les mesures de limitation des usages de l’eau sont encore en vigueur dans 14 départements en alerte renforcée pour les eaux superficielles ; dans 6 départements, le niveau de crise est atteint sur plusieurs bassins versants des départements de Côte d’Or (21), Saône-et-Loire (71), Doubs (25), Haute-Saône (70), Territoire de Belfort (90) et Ain (01).