L'acquisition de données est entreprise sur les eaux côtières et les eaux de transition pour caractériser les masses d’eau, référentiel utilisé par la DCE pour définir des objectifs de qualité (bon état écologique, bon état chimique, bon potentiel, …).
Consulter les fiches état des masses d'eau mises en oeuvre par l'IFREMER . . .
Pour gérer les données de la surveillance du littoral, l'Ifremer a développé le système d'information Quadrige, qui associe à une base de données une panoplie d'outils d'interprétation et d'élaboration de produits d'information. Quadrige constitue un élément du Système d'Information sur l'Eau (SIE), et à ce titre, contribue aux travaux du Secrétariat d'Administration National des Données Relatives à l'Eau (SANDRE).
Des cartographies liées à la surveillance et aux observatoires du milieux marin sont disponibles sur le site MEDTRIX.